อาร์ชดัชเชสเอลิซาเบธทรงสิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 16 มีนาคม พ.ศ. 2506 สิริพระชันษา 80 ชันษา พระศพไม่ได้ถูกฝังไว้ในวิหารฮาพส์บวร์ค ซึ่งเป็นสถานที่ที่ฝังพระศพพระบรมวงศานุวงศ์ออสเตรีย โดยพระองค์ทรงทูลขอให้ฝังพระศพของพระองค์ไว้ที่พระตำหนักส่วนพระองค์ใน พรตำหนักฮืทเท็ลดอร์ฟเฟอร์ ฟรีด์ฮอฟ ใกล้กรุงเวียนนา ซึ่งเป็นที่ที่พระองค์ทรงใช้เวลาช่วงสุดท้ายของพระชนม์ชีพของพระองค์ ที่ทรงประทับที่นั่นพร้อมกับสุนัขทรงเลี้ยงของพระองค์